Исследования микробиома актуальны во многих областях науки, которые ранее считались не связанными с микроорганизмами, например нейрофизиология, пульмонология, онкология, акушерство и гинекология, метаболические заболевания. Более того, современные направления исследований включают изучение связей на уровне осей «микробиом кишечник — головной мозг», «микробиом кишечника — печень», «микробиом кишечника — дыхательная система».

Важной инициативой является Проект микробиома человека — исследовательская программа Национального института здоровья США, призванная улучшить понимание характеристик микробиоты, связанной со здоровьем и заболеваниями человека. Время показало, что фекальная трансплантация микробиоты уже вошла в клиническую практику по всему миру. Следующий этап — создание индивидуальных терапевтических средств на основе защитных факторов микробиоты, что мы надеемся увидеть в ближайшие годы.

Несмотря на значительное разнообразие видов микроорганизмов в составе микробиоты, большинство представителей принадлежат к четырем типам в современной биологической систематике: Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria и Proteobacteria. Типы Firmicutes и Bacteroidetes составляют более 90 % бактериальной популяции в толстой кишке, где плотность микробиоты наибольшая. Представители типов Actinobacteria и Proteobacteria практически всегда присутствуют в составе микробиоты в относительно невысоком содержании.