Обучение в университете организуется на 70 кафедрах (28 − теоретического профиля, 42 − клинического). Учебные занятия организованы на 56 базах учреждений здравоохранения и научно-практических центров.
Обучение ведется по программам высшего образования в очной и заочной (фармацевтический факультет) формах.
Учебный год разделен на два семестра: осенний - с сентября по январь и весенний - с февраля по июль. Каждый семестр завершается сессией (январь и июнь). График учебного процесса зависит от направления подготовки, формы обучения и курса. Контроль освоения учебных программ проводится в форме зачетов и экзаменов.
Студенты очной формы, обучающиеся за счет государственного бюджета и успешно выполнившие учебный план текущего семестра, получают стипендию.
В определенных ситуациях (длительная болезнь, семейные обстоятельства и др.) студенту предоставляется академический отпуск.
Юноши-студенты очной формы обучения могут пройти военную подготовку на военных кафедрах, результатом которой, при условии успешного выполнения программы, может быть получение звания «лейтенант запаса».