Работники университета награждаются за заслуги и достижения по развитию и совершенствованию образовательного процесса, активную научно-исследовательскую деятельность, значительный вклад в подготовку высококвалифицированных специалистов и научно-педагогических кадров, добросовестное и творческое выполнение своих трудовых обязанностей. Обучающиеся в университете награждаются за высокие академические достижения, успехи в научной работе и активную общественно-полезную деятельность.

Свою самую высокую награду – орден Трудового Красного Знамени Минский государственный медицинский институт получил в 1971 году за заслуги в подготовке медицинских кадров, развитие здравоохранения и медицинской науки.